Bonjour cher journal !
Je cherche pour une amie un logiciel d'analyse de séquences brutes ADN en format "fasta" qui fonctionne à la base avec le logiciel (gratuit) "bioedit"...
Ce serait peut-être l'occasion de passer sous linux, suite aux nombreux problèmes rencontrés sous Microsoft Windows...
HELP !
# Bioinfo
Posté par littlebreizhman . Évalué à 4.
[^] # Re: Bioinfo
Posté par jayp . Évalué à 3.
- http://bioinformatics.org/software
- http://www.usinglinux.org/biology/
# .
Posté par Anonyme . Évalué à 8.
Si par analyse de sequences, ton amie parle d'alignement de sequence (pour les non inities, un diff + analyse statistique entre deux sequences prenant en compte certaines homologies entre les differents type d'acides amines ou acides nucleiques composant ces sequences), elle devrait apprendre a utiliser BLAST: sous unix ou sous windows c'est de la ligne de commande et ca devient indispensable des que l'on veut quelquechose de plus fin que les parametres par defaut.
Pour ce qui est d'une interface graphique je ne sais pas. Freshmeat donne Geneious comme reponse ( http://freshmeat.net/projects/geneious/ ) ca n'est pas libre, mais c'est gratuit pour un usage non commercial.
Si elle recherche juste un interface a BLAST, il existe un bon nombre de serveurs qui proposent ce service via une interface web. Le premier qui me vient a l'esprit est celui du NCBI ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ ), mais ton amie devrait deja le connaitre.
[^] # Re: .
Posté par Bruno Besson (site web personnel) . Évalué à 2.
Après, la requète à la base n'est pas très explicite... l'analyse de séquence c'est vaste !
# Perl
Posté par arthurr (site web personnel) . Évalué à 1.
http://search.cpan.org/search?query=fasta&mode=all
l'avantage c'est que ton script est multi-platformes (comme Java mais ca fait moins e-cool / e-buzz )
[^] # Re: Perl
Posté par arthurr (site web personnel) . Évalué à 2.
et il y a pas mal d'exemples sur le net :
http://www.google.fr/search?hl=fr&safe=off&q=perl+fa(...)
[^] # Re: Perl
Posté par Stibb . Évalué à 1.
# Live CD
Posté par TheFloZ . Évalué à 3.
et là une recherche google indique qu'un gars a fait un live cd à partir de l'ubuntu [2].
[1] http://distrowatch.com/bioknoppix (le site a l'air HS)
[2] http://www.biologeek.com/journal/index.php/2005/01/25/32-bio(...)
# paquets existants
Posté par BAud (site web personnel) . Évalué à 3.
qui te donnera pas mal de liens pour des logiciels scientifiques (au sens large).
Notamment,
http://www.biolinux.org/soft.html des paquets RPM existants
D'ailleurs ceux intéressés pour identifier d'autres liens pour trouver des forges / paquets existants ou simplement des logiciels scientifiques intéressants peuvent s'inscrire sur le wiki et le modifier. S'il y en a qui ont le coeur de simplement tester ces logiciels voire d'aller jusqu'à faire des paquets pour leur distribution préférée (deb, rpm, ebuild, ...) ils sont les bienvenus http://cookerspot.tuxfamily.org/wikka.php?wakka=Presentation(...)
# Un logiciel basé sur Eclipse RCP ...
Posté par Gmooron . Évalué à 1.
http://www.bioclipse.net/
[^] # Re: Un logiciel basé sur Eclipse RCP ...
Posté par BAud (site web personnel) . Évalué à 2.
# Bioedit et wine
Posté par Gras_du_Bide . Évalué à 1.
J'utilise Bioedit avec wine et il est fonctionnel. Ca peut toujours dépanner...
GdB
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