Journal Gerer ses citations d'articles de recherche

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nov.
2010
Coucou,

J'ai pas mal bataille pour rendre correct un fichier .bib aujourd'hui.

Apparemment il y a kbibtex sous Linux qui permettrait de gerer
automatiquement une betite base de donnee personnelle des articles
que j'ai lu et les exporter facilement vers un fichier .bib pour LateX.

Des retours sur ce soft?

D'autres recommendations pour des trucs encore mieux?

Merci beaucoup,
F.

  • # Directement ?

    Posté par  (site web personnel) . Évalué à 3.

    Euh, maintenir directement un fichier .bib, peut-être ?

  • # Jabref

    Posté par  . Évalué à 9.

    J'utilise Jabref et je le trouve pas mal, faut dire que je ne suis pas allé voir ailleurs parce que je cherchais un logiciel qui aille sur Windows et Linux et je n'avais pas envie d'utiliser Zotero.

    Après tu peux toujours te faire une idée en regardant le projet Eclore : http://eclore.veille.inist.fr/

    Et sur le projet plume il y a une page spéciale : http://www.projet-plume.org/fr/ressource/zoom-sur-la-gestion(...)

    Bon choix !

    • [^] # Re: Jabref

      Posté par  . Évalué à 4.

      Je plussoie pour JabRef.

      J'ai particulièrement apprécié la possibilité de définir un dossier où stocker les articles, de télécharger le fichier pdf/ps et d'associer ce fichier à la citation, ce qui permet de retrouver l'article en un clic (au lieu de: *$%*, il est où? => recherche google scholar => arf, pas sur le réseau de l'université => ssh => ...).

      Marc

  • # Zotero

    Posté par  (site web personnel) . Évalué à 4.

    La plupart du temps, tu fait tes recherches biblio avec ton navigateur (firefox en l'occurence). Tu utilise zotero comme un plugin firefox. Quand tu es sur ton article, tu clique sur la petite icône zotero et il t'enregistre ta citation. Il te permet d'importer-exporter en bibtex, mais aussi en endnotes (parce que tous tes collègues ne sont pas des libristes invétérés).

    Tu peux synchroniser tes références via leurs serveurs (une liste de référence, c'est pas très critique comme donnée) entre tes différents ordinateurs.

    Avant, j'utilisais pybliographer qui te permet de faire des recherches medline, mais maintenant, j'utilise presque exclusivement zotero.

    http://www.zotero.org/

  • # tellico

    Posté par  . Évalué à 4.

    est aussi une solution.

    http://tellico-project.org/

    Je pense que Zotero est aussi tres bien mais fortement lie a firefox. De plus je n'ai pas reussi a faire marcher le plugin pour openoffice.org depuis la version 2 (je dois avouer que comme cela n'etait pas pour moi je ne me suis pas battu des masses mais bon...)

    • [^] # Re: tellico

      Posté par  . Évalué à 2.

      tiens on vient juste de me parler d'un autre systeme:

      http://www.mendeley.com/

      je ne sais pas du tout ce qu'il vaut il semblerait que ce soit interessant mais c'est pas opensource.

  • # Vraie question : a quoi cela vous sert ?

    Posté par  . Évalué à -3.

    J'ai une question : quelle est la nécessité de « gérer ses citations d'articles de recherche » ? Vous écrivez **si souvent** des articles que vous avez besoin d'un logiciel pour gérer l'apparence des citations ? Sachant qu'entre le premier brouillon et la version soumise il peut y avoir plusieurs mois et plusieurs allers-retours avec des collègues dans différents pays, faire la mise en forme finale des citations ne me semble pas un point bloquant point de vue temps.

    Cela dit personnellement j'ajoute les citations à la main dans un fichier XML personnel et j'ai des feuilles XSLT pour le transformer en diverses choses (HTML, bibtex)

    • [^] # Re: Vraie question : a quoi cela vous sert ?

      Posté par  . Évalué à 7.

      C'est une nécessité. En fait c'est une base de donnée des articles que tu as lu et dont tu pourrais avoir besoin, avec toutes les infos utiles : titre, auteurs, éditeur, conf/revue, ... un peu organisé pour pouvoir s'y retrouver.

      En fait la mise en forme on s'en fout un peu à ce stade, ça dépend du style imposé par la conf.

    • [^] # Re: Vraie question : a quoi cela vous sert ?

      Posté par  . Évalué à 7.

      Y'a un truc qui a dû t'échapper. Un article est soumis plusieurs fois, souvent à des journaux différents. Avec toutes les révisions, il est courant de devoir éditer la liste de références des dizaines de fois. Il y a parfois plus d'une centaine de références. Faire ça à la main est débilissime, sans compter que l'automatisation t'apporte la sécurité (toutes les refs du texte sont dans la biblio et vice versa).

      En ce moment, j'ai 1282 références dans ma liste, je me vois mal gérer ça à la main.

      j'ajoute les citations à la main dans un fichier XML personnel et j'ai des feuilles XSLT pour le transformer en diverses choses (HTML, bibtex)

      Franchement, je ne vois pas l'intéret. Bibtex est un format déja destiné à contenir les données bibliographiques, tu penses faire mieux et plus flexible avec un fichier XML perso? HTML et Bibtex ne sont pas des "choses" de niveau équivalent. Les outils nécessaires sont 1) les logiciels qui permettent d'intégrer des données bibliographiques dans un document exploitable (donc Bibtex vers Latex, HTML, PDF, etc), et 2) des scripts permettant de transformer les différents formats de fichier biblio (Bibtex, endnotes) afin d'assurer l'interopérabilité des logiciels de gestion de biblio.

      Je trouve par exemple inutile de devoir recoder une moulinette pour transformer une base perso en HTML, vu qu'il est trivial de faire du Bibtex -> HTML via Latex.

      Après, on fait ce qu'on veut avec son temps libre, on peut coder des trucs qui ne servent à rien ou formater sa biblio à la main, mais de là à s'étonner de voir les autres utiliser les outils adéquats...

      • [^] # Re: Vraie question : a quoi cela vous sert ?

        Posté par  . Évalué à 1.

        > HTML et Bibtex ne sont pas des "choses" de niveau équivalent.

        Mon utilisation est la suivante :
        * le fichier XML stocke les références complètes et mes notes personnelles, qui peuvent contenir du markup html et des caractères unicode (j'ai un xmodmap modifié pour avoir tout un tas de symboles mathématiques et techniques sur mon clavier)
        * la transformation en html (j'ai une css) permet la lecture des notes (avec leur markup) avec des liens vers le web (DOI) et vers le fichier local. La version html de mes notes est accessible aux collègues (qui ne sont pas libristes).
        * vu que c'est du xml et que c'est fait pour ça, tout format de référence peut être facilement généré avec les nombreux parsers existants. Bibtex est un exemple de format de sortie produit automatiquement.

        >Tu penses faire mieux et plus flexible avec un fichier XML perso?
        Le XML a été conçu pour être flexible, auto-documenté, adapté au « stockage à long teme » et compatible avec plusieurs encodages (dont l'utf-8). Bibtex, bof (et faudrait que j'écrive moi-même un parser).

  • # KBibTex

    Posté par  . Évalué à 3.

    J'utilise KBibTex (qui au final ne fait que gérer un fichier bib, mais simplement) quotidiennement, il m'apporte ce dont j'ai besoin.

    Les fonctions que j'utilise le plus sont :
    * L'import des citations (et jusqu'à maintenant j'ai eu que très peu de problème avec l'import, même si j'ai pas accès aux articles j'arrive à importer les references sans problemes)
    * Le localfile qui me permet de lui lier un pdf, et donc d'acceder au pdf directement à partir de KBibTex.
    * les mots clefs qui te permettent une catégorisation de tes articles.

    Perso moi, dès que je lis un article je le met dans KBibTex, ca me permettra simplement d'y faire reference de de gérer proprement ma biblio pour quand je cherche un truc.

    • [^] # Re: KBibTex

      Posté par  . Évalué à 2.

      Exactement pareil. J'aime beaucoup le localfile et l'import a partir de recherches faites sur Google Scholar notamment.

  • # CiteULike

    Posté par  . Évalué à 2.

    Si en ligne est une option alors CiteULike http://www.citeulike.org/ est celui que j'ai toujours préféré.

    en gros, les avantages selon moi:
    - interface simple
    - un bookmarklet pour importer les références de chez quasi tous les éditeurs (et c'est celui qui avale le plus de format que je connaisse)
    - on retrouve le lien direct vers la page web/l'article
    - possibilité de stocker le pdf sur le serveur comme ca on y a accès de partout (ca été la killer feature pour moi)
    - possibilité d'ajouter des commentaires avec syntaxe wiki
    - liste de lecture
    - classification par tags...

    Et tout, et tout et tout...
    Et à la fin, ca t'exporte un bibtex que tu utilise comme tu veux.

  • # Referencer, emacs, vim

    Posté par  (site web personnel) . Évalué à 1.

    J'ai essayé divers logiciels (Bibdesk, jabref, pybliographer, referencer). J'ai trouvé referencer intéressant mais pas encore mature.

    Et finalement, j'en reviens toujours à vim (ou emacs) et un export html pour partager avec mes collègues. D'une part, ça me suffit (je peux prendre deux minutes quand je lis un article pour l'entrer dans mon fichier, pas besoin d'un truc intelligent qui fait tout en un clic) et d'autre part ça me permet de gérer comme je veux les @string pour avoir une version anglaise et une version française des mois ainsi que des versions abrégées/complètes des noms de confs/journaux.

    Et pour l'export bibtex -> refer, j'utilise bibutils.

  • # Bibus

    Posté par  . Évalué à 2.

    Il existe aussi Bibus (en Python), qui a l'avantage (?) d'être aussi disponible sous Windows.

    http://bibus-biblio.sourceforge.net/wiki/index.php/Main_Page

  • # Pybliographer

    Posté par  (site web personnel) . Évalué à 2.

    J'utilise Pybliographer depuis un (long) moment ; ça marche très bien -- et en particulier avec LyX.

    http://pybliographer.org/

    • [^] # Re: Pybliographer

      Posté par  . Évalué à 2.

      je l'utilise aussi et je le trouve très pratique, en particulier j'aime beaucoup la fonction de recherche intégrée.

  • # Solution maison

    Posté par  . Évalué à 3.

    J’utilise un programme en Python personnel qui interroge ADS (moteur de recherche bibliographique spécialisé en astronomie pour ceux qui ne connaissent pas). Et taper « astro-biblio read ^'premier auteur' année » pour ouvrir le papier directement dans Okular, c’est la classe ! Il s’occupe en même temps de placer les méta-données (dont le Bibtex) dans une base Sqlite. Enfin (mais cette partie est encore moins au point que le reste), il peut analyser un fichier Latex pour créer un fichier Bibtex ad-hoc.

    Pour la prise de note j’utilise Basket, simplement parce qu’il permet d’exécuter la commande sus-citée et surtout de faire une copie d’écran facilement pour les graphes des papiers. Seul regret : classification hiérarchique des notes et pas de recherche ; j’aurai aimé pouvoir utiliser des mot-clefs ainsi qu’une recherche globale dessus.

    • [^] # Re: Solution maison

      Posté par  (site web personnel) . Évalué à 6.

      Mais publie-le ton code!!!
      Crée un petit projet open source.
      En recherche, ça peut être utile a plein de gens ce genre d'outil.

      • [^] # Re: Solution maison

        Posté par  . Évalué à 2.

        Oui ça m'intéresse aussi

        (Enfin surtout si c'es extensible histoire de faire ADS et SPIRES)

        • [^] # Re: Solution maison

          Posté par  . Évalué à 2.

          J’avais bien prévu de le rendre public, mais un peu plus tard. Toutefois vous pouvez récupérer le code source : [http://gitorious.org/astro-biblio] (même pas 800 ligne en tout), c’est juste que je n’ai pas trop le temps de m’en occuper et que ça fait quelques mois que je n’y ai plus touché mis à part la ré-écriture des URLs pour récupérer les PDF sur les sites des journaux. Il faut faire un tour dans le readme et config.py pour régler les choses comme il faut avant de l’utiliser.

          Le gros point noir est que le code est peu commenté et qu’il faut se taper les sources pour savoir comment le programme interprète la ligne de commande, l’argument des \cite d’un fichier Latex, etc.

          Si vous voulez ajouter un autre moteur de recherche ça doit être possible, j’avais prévu une option « source » à la ligne de commande, option qui se propage via un mot-clef Python. Le travail se situera principalement dans la fonction « search » de main.py et les fonctions auxquelles elle fait appel. J’utilise le bibcode comme clef unique pour ma base de donnée : il faudra trouver un identifiant qui puisse le remplacer. Mais je ne te cache pas qu’il y a un peu de boulot (heureusement du côté d’ADS la documentation est bonne, je ne sais pas ce qu’il en est de SPIRES).

  • # Solution maison aussi

    Posté par  (site web personnel) . Évalué à 3.

    Je code et utilise Sebib:
    http://sebib.forge.ocamlcore.org

    Avec ça, je gère toutes mes refs, ça fait du Bibtex pour les papiers, des pages web, un peu tout et n'importe quoi...

    Je gère aussi avec ça mes propres publis, et ça génère les parties concernées de mon site web et de mon CV.

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