Dans le cadre de mon travail, je dois faire de l'imagerie avec un microscope confocal (LSM 510 live pour les connaisseurs). Malheureusement, les fichiers générés ne sont pas lisibles nativement, c'est du tiff modifié. La bonne nouvelle, c'est qu'il existe déjà des modules libres (via imageJ) ou gratuits (via Matlab) pouvant charger ces images. La mauvaise nouvelle, c'est que je n'avais pas envie de me mettre à imageJ, et j'avais envie de me défaire de Matlab.

C'est donc pour tout ça que j'ai décidé d'écrire un module pour Python qui me permette de charger ces images. Ça n'a pas été très simple, car ces fichiers sont constitués de plusieurs images, une par canal et par tranche. En effet, en imagerie confocale, on peut exciter spécifiquement des fluorofores (c'est à dire des donneurs de fluorescence) et ainsi avoir un canal par marqueur. Une seconde spécificité de ces microscopes, c'est de pouvoir faire des tranches optiques, donc avoir une série d'images qui peuvent reconstituer nos objets en 3D (c'est de la chance en biologie de travailler avec des matériaux relativement transparents, ce qui permet ces tranches optiques). Tout ça pour dire qu'il y a des foules d'informations dans ces fichiers.

Avec ce petit module Python, il est donc possible de visualiser les différents canaux et tranches.

Parce que je suis très original et que je ne le cache pas, j'ai baptisé ce module pyLSM, py pour python et LSM pour... LSM (c'est l'extension des fichiers). Cette dépêche est un appel à tests et suggestions d'améliorations pour ceux intéressés.