Décrypton, c'est fini !

Posté par  . Modéré par Pascal Terjan.
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mai
2002
Technologie
Juste une info, en passant : le décrypton, lancé le 11 mars 2002, vient de s'achever avec succès ! Petit rappel, pour ceux qu'ils l'ont oublié :



"Le Décrypthon consiste à mettre en commun la puissance non utilisée de nos ordinateurs pour faire avancer la recherche contre les maladies génétiques et les maladies rares. Grâce à la technologie innovante du calcul distribué, nous avons effectué l'énorme calcul de comparaisons des 500 000 protéines du monde vivant et relever le défi du décryptage du protéome."



L'ensemble des calculs a pris 7 semaines, réparti sur plusieurs dizaines de milliers de CPUs, totalisant une durée cumulée de calculs proche de 450 ans !...



Par contre, on regrette toujours l'absence d'un client Linux... En effet, vu le nombre de machines Linux dans les universités (disposant d'une bonne connectivité au Net et allumées 24h/24, 7j/7), le résultat aurait pu être atteint beaucoup plus vite... D'autant plus qu'IBM était de la partie (et si on en croit les dernières pubs de Big Blue, ce dernier semble s'intéresser à Tux).



De nombreux mails avaient été envoyés afin de faire avancer la demande d'un client pour les OS libres... Visiblement, c'est resté lettre morte :o(

Aller plus loin

  • # ibm : super joueur

    Posté par  . Évalué à 10.

    C'est bien la peine de nous faire une PUB avec des basketeurs et un joueur linux (trés bon aux dires d'ibm), et aprés de mettre ce joueur sur la touche ;)

  • # elle est moisie ta news

    Posté par  . Évalué à -10.

    y'a déjà au moins 2 semaine que c'est fini. J'avais posté sur lme tribune pour le dire. (flemme de faire une news sans faute etc.)

  • # Client GNU/Linux

    Posté par  . Évalué à 10.

    J'avais envoyer un mail au Telethon concernant le client sous linux,j'avais emis le possibilité soit de fournir le client, soit de rendre l'algo disponible, voici la reponse que j'ai obtenue :

    "Pour des raisons de sécurité (virus et bug), IBM et l'AFM ne désirent pas diffuser les sources en ouvrant le logiciel à telle ou telle communauté. Rendre disponible le logiciel aux utilisateurs de LINUX, c'est donner accès aux données à traiter et prendre le risque qu'un pirate s'attaque aux travail des internautes.

    Pour ces raisons, l'AFM et IBM ne permettront pas aux utilisateurs de LINUX d'utiliser le logiciel sur cette plate forme."

    Pour IBM, Linux ,Bug et Virus sont dans la même equipe.

    • [^] # Re: Client GNU/Linux

      Posté par  . Évalué à 10.

      A mon avis il y aussi une autre raison.
      L'algo de synthetisation de proteinne, doit étre super secret et super copyrigthé, et AFM n'a pas envie de distribué un binaires dont il n'est pas sur de la resistance au deassemblage et autre crackage de tous genre ( Vous connaissez beaucoup de crypther de binaires sous nux x86 ? non, sous windows il y a des solutions plus ou moin efficassse par centaines ).

      Mais bon apres, j'en avais parlé a une amie etudiente en medecine et il parait que l'on peut s'interoger sur l'utilité directe d'une telle demarche, car bien qu'un telle basse de donnée et de simulation puisse aider dans la recherche sur le cancer, elle ne serait pas utile avent des années pour les chercheurs...
      Bon apres quand on sait que c'est une sociéte privé qui est derriére le projet on peut craindre le pire ( brevetage etc etc ...).

      • [^] # Re: Client GNU/Linux

        Posté par  (site web personnel) . Évalué à 10.

        L'algo de synthetisation de proteinne, doit étre super secret et super copyrigthé

        mouah ! non, l'algorithme, c'est du Smith-Waterman, de la programmation dynamique toute conne, c'est le premier algrothime qu'on explique aux étudiants en bioinfo.

        Quant à l'utilité du machin, on peut se poser des questions, en effet. Là ils ont juste fait des tas de calculs et ils ont largués leurs résultats en vrac (un fichier de 35G !). Pour l'instant la science n'a pas progressé d'un millimètre.

        • [^] # Re: Client GNU/Linux

          Posté par  . Évalué à 1.

          Quoi on nous aurez mentie, leur super systéme revolutionnaire ne serait qu'une version distribué d'un algo tous con, je suis presque dessus ^_^.

          Il y avait pas un projet d'un univercité US qui fesait déjà ca et qui de plus proposé un client linux ? ( je suis presque sur que oui mais j'ai perdut le nom )

          Pour l'instant la science n'a pas progressé d'un millimètre.


          Donc ca se confirme.

          • [^] # Re: Client GNU/Linux

            Posté par  (site web personnel) . Évalué à 4.

            Quoi on nous aurez mentie

            oh non, il n'y avait pas tromperie. Il ne me semble pas que l'annonce initiale ait dit que le projet était révolutionnaire. On savait ce qu'ils faisaient comme calculs : alignements 2 à 2 exhaustifs des séquences protéiques des banques. La nouveauté, c'est bien sûr le caractère exhaustif, qui demande une grosse grosse puissance de calcul.

            Ce calcul (alignement de séquences) est ultra-classique et utilisé routinement par les biologistes. Ce qu'il y a, c'est que lorqu'on étudie la protéine X, faire ce genre d'alignements peut donner des informations immédiatement. Là, ils ont fait le calcul pour toutes les protéines X et Y connues. Les calculs intéressants restent à faire (cf un extrait de l'annonce des résultats) :


            Le resultat global du calcul est une matrice de similarite pour
            les 550000 proteines. Cette matrice est une ressource a partir de laquelle
            differents types d'analyse peuvent etre envisages, telles qu'un regroupement
            (clustering) des sequences "similaires", selon differentes procedures
            algorithmiques.

          • [^] # Re: Client GNU/Linux

            Posté par  . Évalué à 5.

            Il y avait pas un projet d'un univercité US qui fesait déjà ca et qui de plus proposé un client linux ? ( je suis presque sur que oui mais j'ai perdut le nom )

            je pense que tu parles du projet Genome@home dont le site officiel est http://genomeathome.stanford.edu/(...)

    • [^] # Re: Client GNU/Linux

      Posté par  . Évalué à 10.

      Les programmes de http://www.distributed.net/(...) on un client Linux, ainsi que pour la plupart de OS. Tu aurais pu le citer en exemple.

      En plus il est pas fini, puis on peu le faire par equipe http://stats.distributed.net/rc5-64/tmsummary.php3?team=5053(...)
      alors plutot que favoriser les brevets humain, faite quelques choses de presque inutile avec la puissance de vos machines.

      • [^] # Re: Et les OGR ?

        Posté par  (site web personnel) . Évalué à 8.

        faite quelques choses de presque inutile avec la puissance de vos machines.

        distributed.net est surtout connu pour le RC5, et là je suis d'accord avec toi. Mais parallèlement, il y a d'autres calculs, qui eux ont des applications dans la vie courante et donc sont moins inutiles. Exemple : les OGR, en français, les Règles de Golombs Optimales.

        Je vais pas vous faire la description, leur site web le fait mieux que moi :

        http://www.distributed.net/ogr/index.html.fr(...)

        En mathématiques, le terme "Règle de Golomb" se rapporte à un ensemble d'entiers positifs tels qu'aucune paire de points distincts de cet ensemble n'ait la même différence. Une autre façon d'aborder cette notion consiste à considérer une règle construite de telle sorte qu'aucune paire de repères sur cette règle ne mesure la même distance. Une Règle de Golomb Optimale (OGR) est la plus courte règle de Golomb pour un nombre de points n donné. Les OGR ont de nombreuses applications telles que la radio astronomie ou encore le positionnement de capteurs en cristallographie par rayons X.

      • [^] # Re: Client GNU/Linux

        Posté par  (Mastodon) . Évalué à 3.

        Dans la série "calcul réparti", on peut aussi citer http://www.mersenne.org/(...) pour les matheux en tous genres.

    • [^] # Re: Client GNU/Linux

      Posté par  (site web personnel) . Évalué à 4.

      Rendre disponible le logiciel aux utilisateurs de LINUX, c'est donner accès aux données à traiter et prendre le risque qu'un pirate s'attaque aux travail des internautes.

      Si je veux vraiment utiliser linux pour faire des trucs de pirate (car les pirates utilisent linux, c'est bien connu), autant utiliser Wine qui possède dèja tout ce qu'il faut pour lire le format PM (executable Windows)).
      J'ai comme l'impression que IBM prends les gens (enfin, les quelques initiés) un peu pour des idiots.

  • # Résumé projets distribués

    Posté par  . Évalué à 4.

    Pour ceux que ca intéresse y a une page web pas mal
    qui résume les différents projets distribués que l'on peut trouver :

    http://fgouget.free.fr/distributed/(...)

    Ps: j'avais déjà posté le liens dans une réponse à un message, mais c'est plus facilement visible ici.

  • # Moi aussi, sur la touche...

    Posté par  . Évalué à 0.

    Tiens ! C'est déjà fini ! Je me souviens que lors de la soirée pour le Téléthon, ils invitaient les gens à se connecter sur le site pour participer au décryptage des protéines.

    Je m'étais dit que c'était beaucoup plus concret que de chercher des extraterrestres et m'était inscrit. J'ai jamais eu de réponse de leur part !

    Savez-vous s'il y a d'autres projets de ce genre qui visent à utiliser la puissance de plusieurs ordinateurs disséminés ?

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